協議会の主な取組としては、井戸湿原生態系の維持回復事業、野生鳥獣被害の低減事業、普及啓発事業に分けられます。井戸湿原生態系の維持回復事業は、湿原に水を長く留めるための「帯工」を設置したり、カラマツなど外来種を必要に応じて除去したりするものです。野生鳥獣被害の低減事業は、シカなど野生鳥獣から被害をおさえるため、湿原への侵入防止柵の設置をする活動です。普及啓発事業は、パンフレットや映像によるPR活動、セミナーの開催、報告書の作成などです。